El académico del Departamento de Ciencias de la Computación de la Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas de la Universidad de Chile, Gonzalo Navarro, fue distinguido como Fellow de la International Society for Computational Biology (ISCB). Esta organización, dedicada a la biología computacional y la bioinformática a nivel mundial, cuenta con una comunidad global de más de 4.000 investigadores/as, profesionales, técnicos/as y estudiantes, dedicados a avanzar en la comprensión científica de los sistemas vivos a través de la computación.
En 2009, la ISCB introdujo su Programa de Fellows con el objetivo de honrar a miembros que se han destacado por sus contribuciones a los campos de la biología computacional y la bioinformática. Esta distinción reconoce a personas que han realizado aportes sobresalientes en investigación, liderazgo y servicio a la comunidad científica.
“Los Fellows de ISCB han desempeñado un papel fundamental en el avance de la bioinformática y la biología computacional, dando forma al campo mediante la innovación y la colaboración. Esta prestigiosa distinción refleja una trayectoria de impacto significativo y una dedicación a la comunidad científica”, se señala las bases del programa.
Para el académico, este reconocimiento representa un hito en una trayectoria vinculada a un área que ha cobrado gran relevancia en las últimas décadas. Recuerda que, en 1998, cuando planificaba realizar parte de su postdoctorado en Arizona con el investigador Gene Myers, sus planes cambiaron debido a que Myers se integró a Celera Genomics, una de las compañías que participó en la secuenciación del primer genoma humano.
“Eso ocurrió cerca del año 2000 y fue el comienzo de una carrera que aún continúa por secuenciar poblaciones enteras, comprender lo que hay en el genoma, usarlo para entender y curar enfermedades. Se puede decir que en ese punto nace la bioinformática de datos masivos, que ha traído desafíos algorítmicos enormes relacionados con búsquedas complejas en secuencias y almacenamiento eficiente de grandes volúmenes de información”, comenta.
El profesor Navarro agrega que inició su carrera en el área de Recuperación de Información, más bien pensando en lenguaje natural, “pero resultó que mucho de lo que hacía servía también para estos nuevos problemas y fui naturalmente atraído por los desafíos de esa área”.
Asimismo, señala que, aunque su enfoque ha sido principalmente algorítmico más que biológico, “varias de las cosas que hicimos en estas dos últimas décadas se han terminado usando en investigación bioinformática e incluso en productos de amplio uso”.
Aportes desde la computación
Sobre las líneas de trabajo que ha desarrollado en el ámbito de la bioinformática, el académico explica que, cronológicamente, la primera fue la búsqueda aproximada en texto, tema que abordó en su tesis doctoral. En ella, plantea la búsqueda de formas eficientes de encontrar patrones en textos permitiendo errores, los que en bioinformática vienen de mutaciones y de errores de secuenciación, entre otros.
Una segunda línea corresponde a los autoíndices comprimidos, que —explica— representan secuencias en espacio cercano al mínimo necesario y dentro de ese espacio ofrecen además búsquedas eficientes. “como si uno tuviera la secuencia más una estructura de datos, pero todo comprimido dentro del espacio necesario para representar solo la secuencia; en bioinformática, estas secuencias son genomas, colecciones de proteínas, etc.”.
Finalmente, su trabajo más reciente es la indexación de grandes colecciones de secuencias repetitivas, es decir, aquellas muy parecidas entre sí, “como cuando se almacenan colecciones de muchos genomas de una misma especie, el desafío más difícil en la actualidad”, expresa.
En este ámbito, explica que la representación debe ocupar espacio cercano al necesario para representar una de las secuencias más los pocos cambios que hay que hacerle para obtener cada una de las otras. “Eso no es difícil en sí, pero sí lo es ofrecer búsquedas complejas de
patrones dentro de ese espacio”, aseveró. Este trabajo, lo inició hace un par de décadas con investigadores de Finlandia, que conoció durante su postdoctorado, en lo que define como “una época en que nadie pescaba mucho el problema, pero hoy en día es crucial y mucha gente trabaja en ello”.
Tras recibir este reconocimiento, Gonzalo Navarro agradeció el apoyo del Departamento de Ciencias de la Computación y del Centro de Biotecnología y Bioingeniería (CeBiB), destacando que este último ha sido clave durante la última década para el desarrollo de su investigación
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