Centro de Modelamiento Matemático

Laboratorio de Bioinformática y Matemática del Genoma (LBMG-Mathomics)

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Laboratorio de Bioinformática y Matemática del Genoma (LBMG-Mathomics)

Descripción

LBMG es una plataforma colaborativa de investigación del Centro de Modelamiento Matemático (CMM) y del Centro de Regulación Genómica (CRG) de la Universidad de Chile, creado en el año 2003 para el desarrollo de proyectos de bioinformática y el modelamiento matemático aplicado en la biología de sistemas.

Hoy este laboratorio es referente nacional en análisis in-silico (simulación computacional) y modelamiento de información ómica. Desarrolla investigación a largo plazo en alianza con centros públicos y privados en áreas como minería (en asociación con la compañía chileno-japonesa BioSigma S.A), acuicultura, agricultura y salud.

Equipamiento e instrumentos

  • Dell PowerEdge R910, 4X Intel® Xeon® X7560 2.26GHz (32 Cores ), 1TB Memory (64x16GB), 3 X 600GB 10K RPM SAS Hard Drive (1800 GB).
  • IBM Server, 4X Intel® Xeon® X7350 2.93GHz(16 Cores), 116 Gb Memory, 2 X 70GB 15K RPM SAS Hard Drive(140GB).
  • Server, Intel®Core®2 Quad Q9550 2.83GHz(4 cores), 8 GB Memory, 1 X 750GB 7.2K RPM SATA Hard Drive (750GB).
  • Sun Server, 4 X Intel® Xeon® 3.20GHz(4 Cores), 4GB Memory, 1 X 160GB 7.2K RPM SATA Hard Drive (160GB).
  • 4 Servers, Intel® Pentium® 4 2.40GHz, 2GB Memory, 1 X 160GB 7.2K RPM SATA Hard Drive (160GB).
  • Over 32 TB of storage capacity.

Miembros permanentes

  • Servet Martínez (Director Científico), Mauricio González (Director Biotecnología).
    Teléfono: +56 2 2978 4453
    Email: smartine@dim.uchile.cl

  • Mauricio González (Director Biotecnología)
    Teléfono: +56 2 25779161
    Email: maugonzalez@inia.cl
  • Andrew Hart (Investigador, PhD Estadística), Vicente Acuña (Investigador, PhD Bioinformática), Philippe Bordron (Postdoctorado, PhD Bioinformática), Nicolás Loira (Postdoctorado, PhD Bioinformática).
    Teléfono: +56 2 2978 4600
    Email: ahart@dim.uchile.cl

  • Andrés Aravena (estudiante de doctorado & ingeniero de proyecto), Karina Castillo (estudiante de doctorado).
  • Vicente Acuña (Investigador, Phd Bioinformática)
    Teléfono: +56 2 2978 4930
    Email: viacuna@dim.uchile.cl
  • Philippe Bordron (Postdoctorado, Phd Bioinformática)
    Teléfono: +56 2 2978 4551
    Email: phbordron@dim.uchile.cl

  • Nicolás Loira (Postdoctorado, Phd Bioinformática)
    Teléfono: +56 2 2978 4551
    Email: phbordron@dim.uchile.cl

  • Conping Lin (Postdoctorado, Phd Bioinformática)
    Teléfono: +56 2 2978 4930
    Email: clin@dim.uchile.cl
  • Mauricio Latorre (Postdoctorado, Phd Bioinformática)
    Teléfono: +56 2 2978 4551
    Email: mlatorre@inta.cl

  • María Paz Cortez (ingeniero de proyecto, PhD Sistemas Complejos UAI)
    Teléfono: +56 2 2978 0518
    Email: mpcortes@dim.uchile.cl

  • Alex Di Genova (ingeniero de proyecto, PhD Sistemas Complejos UAI)
    Teléfono: +56 2 2978 4551
    Email: adigenova@dim.uchile.cl

  • Dante Travisany (ingeniero de proyecto, PhD Sistemas Complejos UAI)
    Teléfono: +56 2 2978 0518
    Email: dtravisany@dim.uchile.cl

Académico responsable

Proyectos asociados

  • Parte de uno de los proyectos del centro de excelencia CIRIC INNOVA-Corfo Omics Integrative Science, en colaboración con equpos Dyliss y Bamboo del INRIA-Francia.
  • Proyecto de Cooperación Internacional: Equipo Asociado INRIA (2011-2013)
    IntegrativeBioChile: Mathomics CMM - Dyliss INRIA Rennes.
  • Proyecto Fondef D10I1007 (2012- 2014)
    La genómica de las poblaciones chilenas: perfiles genéticos cosas necesarias en la investigación clínica, la salud pública y la medicina forense (aspectos bioinformáticos del proyecto).
  • Proyecto Fondef G07I1002 (2008-2012)
    Identificación de genes relacionados con el desarrollo de las bayas y el crecimiento en las uvas de mesa sin semillas, por medio de la genómica funcional (aspectos bioinformáticos del proyecto).
  • Proyecto Fondef D04I-1257 (2006- 2008)
    Desarrollo de una capacidad científica y tecnológica en el modelamiento matemático y la simulación para el control de redes biológicas en procesos de producción. Aplicación a la biolixiviación bacteriana.
  • Proyecto INNOVA-Corfo 09CN14-585 (2010- 2012)
    La aplicación de la metabolómica en la industria minera, para mejorar los procesos asociados a la biolixiviación de recursos mineros (aspectos bioinformáticos del proyecto).
  • Proyecto INNOVA-Corfo 07CN13PBT-41
(2008-2011)
    Genómica de salmones: identificación de genes asociados al uso de proteinas vegetales y animales en la nutrición del salmón del Atlántico y la trucha arcoiris (aspectos bioinformáticos del proyecto).
  • Proyecto de Investigación U.Chile - BioSigma S.A. - U. de Chile (2003-2010)
    Laboratorio de referencia en bioinformática para el tratamiento de la información genómica de bacterias biomineras.
  • Proyecto Fundación Copec-UC CC025 (2007-2009)
    Sistema de bio-identificación de comunidades de microorganismos relevantes para un sistema de producción: aplicación a la industria avícola y el vino
  • Acuerdo de Investigación INIA-CMM U. de Chile (2010 a la fecha)
    • Implementación de una plataforma para el análisis bioinformático y almacenamiento de bases de datos de información genómica , provenientes de diferentes vegetales de interés para los programas de mejora genética del "Centro Regional de Investigación La Platina, INIA"
    • Implementación de una base de datos con el genoma de la papa y transcriptómica de datos de genotipos DM y HR. La aplicación de herramientas bioinformáticas para explorar esta base de datos, lo que permite identificar secuencias específicas (genes, marcadores, etc.) e incluyendo un modo de asociar mapas genéticos y físicos, y su secuencia. Este proyecto forma parte de la subvención "Fortalecimiento de Capacidades Regionales en Biotecnología a Través de la Exploración y valoración del Genoma de la Papa sin Cultivo de las Américas"
    • Proyecto de secuenciación uva de mesa `Sultanina'.

Publicaciones

  • R. Bobadilla-Fazzini, M. P. Cortés, L. Padilla, D. Maturana, M. Budinich, A. Maass, P. Parada, Stoichiometric Modeling of Oxidation of Reduced Inorganic Sulfur Compounds (RISCs) in Acidithiobacillus thiooxidans. Accepted Biotechnology and Bioengineering (2013).
  • E. Utreras, D. Henríquez, E. Contreras-Vallejos, C. Olmos, A. Di Genova, A. Maass, A.B. Kulkarni, Ch. González-Billault, CDK5 regulates RAP1 activity. Neurochem. Int. 62 (6) (2013) 848-853.
  • D.A. Bórquez, C. Olmos, S. Alvarez, A. Di Genova, A. Maass, C. Gonzélez-Billault, Bioinformatic survey for new physiological substrates of Cyclin-dependent kinase 5. Genomics 101 (4) (2013) 221-228.
  • P. Martínez, S. Gálvez, N. Ohtsuka, M. Budinich, M.P. Cortés, C. Serpell, K. Nakahigashi, A. Hirayama, M. Tomita, T. Soga, S. Martínez, A. Maass, P. Parada, Metabolomic study of Chilean biomining bacteria Acidithiobacillus ferrooxidans strain Wenelen and Acidithiobacillus thiooxidans strain Licanantay. Metabolomics 9 (1) (2013) 247-257.
  • A. Hart, S. Martínez, F. Olmos. A Gibbs approach to Chargaff's second parity rule. J. Stat. Phys. 148, 408-422 (2012).
  • D. Travisany, A. Di Genova, A. Sepúlveda, R. Bobadilla, P. Parada, A. Maass, Draft genome sequence of Sulfobacillus thermosulfidooxidans Cutipay strain, indigenous bacteria isolated from naturally extreme mining environment in the north of Chile. Journal of Bacteriology 194 (22) (2012) 6327-6328.
  • C. Hodar, P. Moreno, A. di Genova, M. Latorre, A. Reyes-Jara, A. Maass, M. González, V. Cambiazo, Genome wide identification of A. ferrooxidans (ATCC 23270) transcription factors and comparative analysis of ArsR and MerR metal regulators, Biometals 25 (2012) 75-93.
  • A. Di Genova, A. Aravena, Luis Zapata, A. Maass, M. González, P. Iturra, SalmonDB: A bioinformatics resource for Salmo salar and Oncorhynchus mykiss, Database 2011; doi: 10.1093/database/bar050
  • The Potato Genome Sequencing Consortium* (A. di Genova among authors), Genome sequence and analysis of the tuber crop potato. Nature 475, 189-195 (14 July 2011).
  • A. Hart, S. Martínez. Statistical testing of Chargaff's second parity rule in bacterial genome sequences. Stochastic Models, 27, 2, 272-317, (2011).
  • W. Davidson, B. Koop, S. Jones, P. Iturra, R. Vidal, A. Maass, I. Jonassen, S. Lien, S. Omholt, Sequencing the genome of the Atlantic salmon (Salmo salar). Genome Biology (2010) 11: 403.
  • C. Hodar, R. Assar, M. Colombres, A. Aravena, L. Pavez, M. González, S. Martínez, N. C. Inestrosa, A. Maass, Genome-wide identification of new Wnt/β-catenin target genes in the human genome using CART method. BMC Genomics (2010) 11:348.
  • J. Briche, Y. Lacroix, A. Maass, Adaptation d'un algorithme génétique pour la recon- struction de réseaux de régulation génétique: COGARE. Revue d'Intelligence Artificielle 24 (2010) 7-26.
  • M. Arrázola, L. Varela-Nallar, M. Colombres, R. Assar, A. Aravena, A. Maass, S. Martínez, N. C. Inestrosa, Calcium /calmodulin-dependent protein kinase type IV (CaMKIV) is a target gene of the Wnt/β-catenin signaling pathway. Journal of Cellular Physiology 221 (2009) 658-667.
  • N. Ehrenfeld, A. Aravena, A. Reyes-Jara, N. Barreto, R. Assar, A. Maass, P. Parada, Design and use of oligonucleotide microarrays for identification of Biomining microorganisms. Advanced Materials Research 71-73 (2009) 155-158.
  • G. Levicán, J. A. Ugalde, N. Ehrenfeld, A. Maass, P. Parada, Comparative genomic analysis of carbon and nitrogen assimilation mechanisms in three indigenous bioleaching bac- teria: predictions and validations. BMC-Genomics 9 (2008) 581.
  • R. Uauy, A. Maass, M. Araya, Estimating risk from copper excess in human populations. The American Journal of Clinical Nutrition 88 (2008) 867S-871S. (ISI).

 

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