Gracias al esfuerzo del Consorcio Genomas CoV2 (CGC), liderado por el Ministerio de Ciencia, tecnología, conocimiento e innovación, un grupo de investigadores en genómica y bioinformáticos de diversos centros de estudios y universidades, desarrollaron una plataforma para procesar y almacenar las secuencias obtenidas del virus SARS-CoV-2 en distintos lugares del país.
“La secuenciación genómica del virus de una persona contagiada permitirá generar herramientas de trazabilidad de cada una de las variaciones de este virus, con ello generar mejores vacunas y tratamientos específicos”, señala Miguel Allende, miembro del equipo y director del Centro de Regulación del Genoma, quienes junto al Centro de Modelamiento Matemático (CMM) de la FCFM y el Instituto Milenio Ibio, lideran la iniciativa.
“Con esto se colocan las mejoras capacidades científicas con que cuenta Chile al servicio de esta crisis”, comenta el ministro de Ciencia y Tecnología, Andrés Couve, quien valora la rapidez con la que el conocimiento científico ha crecido a raíz de la epidemia. “La iniciativa de un consorcio en Chile es señal de que formamos parte de un esfuerzo internacional y que a través de los más altos estándares continuaremos comprendiendo el virus como parte de la estrategia para enfrentar de mejor manera la pandemia”, agregó el jefe de la cartera.
Herramienta epidemiológica para la trazabilidad y seguimiento del virus
Tras ser secuenciada, la información de los genomas del virus es procesada por los ingenieros bioinformáticos en el Laboratorio de Computación de Alto Rendimiento (NLHPC) del CMM, desde donde se almacenan las secuencias para ponerlas a disposición de la comunidad científica a través del sitio http://www.cov2.cl. En la página se pueden visualizar las características generales de los genomas virales y las relaciones de parentesco entre las variantes.
“Además de proporcionar una herramienta epidemiológica que permita la trazabilidad y seguimiento del virus, también esta información tiene el potencial de detectar diferencias en la virulencia o transmisibilidad de las variantes y apoyar en el mejoramiento de kits diagnóstico ya que eventualmente alguna de ellas podría dar falsos negativos en los testeos actuales”, aclaró Allende.
Actualmente el mapeo a nivel global ha detectado cerca de 5.600 del SARS-CoV-2 entre más de 16.000 genomas secuenciados. “Esto nos representa un problema complejo, ya que debemos diseñar estrategias que pasan por muchas disciplinas y saber trabajar de manera interdisciplinaria. Por eso que la unión virtuosa de instituciones hace probable poder mirar un mismo problema sumando su complejidad”, destaca Alejandro Maass, director del CMM.
Para esta tarea el CMM puso a disposición la supercomputadora Guacolda-Leftraru que procesa la información de los genomas: “es infraestructura crítica en Chile y tiene la vocación de ser de todos, más aún ahora que su uso es crucial para distintos aspectos de la pandemia”, concluye Maass.
