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Laboratorio de Bioinformática y Matemática del Genoma (LBMG-Mathomics)

    Descripción

    LBMG es una plataforma colaborativa de investigación del Centro de Modelamiento Matemático (CMM) y del Centro de Regulación Genómica (CRG) de la Universidad de Chile, creado en el año 2003 para el desarrollo de proyectos de bioinformática y el modelamiento matemático aplicado en la biología de sistemas.

    Hoy este laboratorio es referente nacional en análisis in-silico (simulación computacional) y modelamiento de información ómica. Desarrolla investigación a largo plazo en alianza con centros públicos y privados en áreas como minería (en asociación con la compañía chileno-japonesa BioSigma S.A), acuicultura, agricultura y salud.

    Equipamiento e instrumentos

    • Dell PowerEdge R910, 4X Intel® Xeon® X7560 2.26GHz (32 Cores ), 1TB Memory (64x16GB), 3 X 600GB 10K RPM SAS Hard Drive (1800 GB).
    • IBM Server, 4X Intel® Xeon® X7350 2.93GHz(16 Cores), 116 Gb Memory, 2 X 70GB 15K RPM SAS Hard Drive(140GB).
    • Server, Intel®Core®2 Quad Q9550 2.83GHz(4 cores), 8 GB Memory, 1 X 750GB 7.2K RPM SATA Hard Drive (750GB).
    • Sun Server, 4 X Intel® Xeon® 3.20GHz(4 Cores), 4GB Memory, 1 X 160GB 7.2K RPM SATA Hard Drive (160GB).
    • 4 Servers, Intel® Pentium® 4 2.40GHz, 2GB Memory, 1 X 160GB 7.2K RPM SATA Hard Drive (160GB).
    • Over 32 TB of storage capacity.

    Miembros permanentes

    • Servet Martínez (Director Científico), Mauricio González (Director Biotecnología).
    • Andrew Hart (Investigador, PhD Estadística), Vicente Acuña (Investigador, PhD Bioinformática), Philippe Bordron (Postdoctorado, PhD Bioinformática), Nicolás Loira (Postdoctorado, PhD Bioinformática).
    • Andrés Aravena (estudiante de doctorado & ingeniero de proyecto), Karina Castillo (estudiante de doctorado).
    • María Paz Cortez (ingeniero de proyecto), Alex Di Genova (ingeniero de proyecto, Ángel Pardo (ingeniero de proyecto), Guillermo Rodríguez (ingeniero de proyecto) Dante Travisany (ingeniero de proyecto).

    Académico responsable

    Proyectos asociados

    • Parte de uno de los proyectos del centro de excelencia CIRIC INNOVA-Corfo
      Omics Integrative Science, en colaboración con equpos Dyliss y Bamboo del INRIA-Francia.
    • Proyecto de Cooperación Internacional: Equipo Asociado INRIA (2011-2013)
      IntegrativeBioChile: Mathomics CMM - Dyliss INRIA Rennes.
    • Proyecto Fondef D10I1007 (2012- 2014)
      La genómica de las poblaciones chilenas: perfiles genéticos cosas necesarias en la investigación clínica, la salud pública y la medicina forense (aspectos bioinformáticos del proyecto).
    • Proyecto Fondef G07I1002 (2008-2012)
      Identificación de genes relacionados con el desarrollo de las bayas y el crecimiento en las uvas de mesa sin semillas, por medio de la genómica funcional (aspectos bioinformáticos del proyecto).
    • Proyecto Fondef D04I-1257 (2006- 2008)
      Desarrollo de una capacidad científica y tecnológica en el modelamiento matemático y la simulación para el control de redes biológicas en procesos de producción. Aplicación a la biolixiviación bacteriana.
    • Proyecto INNOVA-Corfo 09CN14-585 (2010- 2012)
      La aplicación de la metabolómica en la industria minera, para mejorar los procesos asociados a la biolixiviación de recursos mineros (aspectos bioinformáticos del proyecto).
    • Proyecto INNOVA-Corfo 07CN13PBT-41
(2008-2011)
      Genómica de salmones: identificación de genes asociados al uso de proteinas vegetales y animales en la nutrición del salmón del Atlántico y la trucha arcoiris (aspectos bioinformáticos del proyecto).
    • Proyecto de Investigación U.Chile - BioSigma S.A. - U. de Chile (2003-2010)
      Laboratorio de referencia en bioinformática para el tratamiento de la información genómica de bacterias biomineras.
    • Proyecto Fundación Copec-UC CC025 (2007-2009)
      Sistema de bio-identificación de comunidades de microorganismos relevantes para un sistema de producción: aplicación a la industria avícola y el vino.
    • Acuerdo de Investigación INIA-CMM U. de Chile (2010 a la fecha).
    • Implementación de una plataforma para el análisis bioinformático y almacenamiento de bases de datos de información genómica , provenientes de diferentes vegetales de interés para los programas de mejora genética del "Centro Regional de Investigación La Platina, INIA".
    • Implementación de una base de datos con el genoma de la papa y transcriptómica de datos de genotipos DM y HR. La aplicación de herramientas bioinformáticas para explorar esta base de datos, lo que permite identificar secuencias específicas (genes, marcadores, etc.) e incluyendo un modo de asociar mapas genéticos y físicos, y su secuencia. Este proyecto forma parte de la subvención "Fortalecimiento de Capacidades Regionales en Biotecnología a Través de la Exploración y valoración del Genoma de la Papa sin Cultivo de las Américas".
    • Proyecto de secuenciación uva de mesa `Sultanina'.

    Publicaciones

    • R. Bobadilla-Fazzini, M. P. Cortés, L. Padilla, D. Maturana, M. Budinich, A. Maass, P. Parada, Stoichiometric Modeling of Oxidation of Reduced Inorganic Sulfur Compounds (RISCs) in Acidithiobacillus thiooxidans. Accepted Biotechnology and Bioengineering (2013).
    • E. Utreras, D. Henríquez, E. Contreras-Vallejos, C. Olmos, A. Di Genova, A. Maass, A.B. Kulkarni, Ch. González-Billault, CDK5 regulates RAP1 activity. Neurochem. Int. 62 (6) (2013) 848-853.
    • D.A. Bórquez, C. Olmos, S. Alvarez, A. Di Genova, A. Maass, C. Gonzélez-Billault, Bioinformatic survey for new physiological substrates of Cyclin-dependent kinase 5. Genomics 101 (4) (2013) 221-228.
    • P. Martínez, S. Gálvez, N. Ohtsuka, M. Budinich, M.P. Cortés, C. Serpell, K. Nakahigashi, A. Hirayama, M. Tomita, T. Soga, S. Martínez, A. Maass, P. Parada, Metabolomic study of Chilean biomining bacteria Acidithiobacillus ferrooxidans strain Wenelen and Acidithiobacillus thiooxidans strain Licanantay. Metabolomics 9 (1) (2013) 247-257.
    • A. Hart, S. Martínez, F. Olmos. A Gibbs approach to Chargaff's second parity rule. J. Stat. Phys. 148, 408-422 (2012).
    • D. Travisany, A. Di Genova, A. Sepúlveda, R. Bobadilla, P. Parada, A. Maass, Draft genome sequence of Sulfobacillus thermosulfidooxidans Cutipay strain, indigenous bacteria isolated from naturally extreme mining environment in the north of Chile. Journal of Bacteriology 194 (22) (2012) 6327-6328.
    • C. Hodar, P. Moreno, A. di Genova, M. Latorre, A. Reyes-Jara, A. Maass, M. González, V. Cambiazo, Genome wide identification of A. ferrooxidans (ATCC 23270) transcription factors and comparative analysis of ArsR and MerR metal regulators, Biometals 25 (2012) 75-93.
    • A. Di Genova, A. Aravena, Luis Zapata, A. Maass, M. González, P. Iturra, SalmonDB: A bioinformatics resource for Salmo salar and Oncorhynchus mykiss, Database 2011; doi: 10.1093/database/bar050.
    • The Potato Genome Sequencing Consortium* (A. di Genova among authors), Genome sequence and analysis of the tuber crop potato. Nature 475, 189-195 (14 July 2011).
    • A. Hart, S. Martínez. Statistical testing of Chargaff's second parity rule in bacterial genome sequences. Stochastic Models, 27, 2, 272-317, (2011).
    • W. Davidson, B. Koop, S. Jones, P. Iturra, R. Vidal, A. Maass, I. Jonassen, S. Lien, S. Omholt, Sequencing the genome of the Atlantic salmon (Salmo salar). Genome Biology (2010) 11: 403.
    • C. Hodar, R. Assar, M. Colombres, A. Aravena, L. Pavez, M. González, S. Martínez, N. C. Inestrosa, A. Maass, Genome-wide identification of new Wnt/β-catenin target genes in the human genome using CART method. BMC Genomics (2010) 11:348.
    • J. Briche, Y. Lacroix, A. Maass, Adaptation d'un algorithme génétique pour la recon- struction de réseaux de régulation génétique: COGARE. Revue d'Intelligence Artificielle 24 (2010) 7-26.
    • M. Arrázola, L. Varela-Nallar, M. Colombres, R. Assar, A. Aravena, A. Maass, S. Martínez, N. C. Inestrosa, Calcium /calmodulin-dependent protein kinase type IV (CaMKIV) is a target gene of the Wnt/β-catenin signaling pathway. Journal of Cellular Physiology 221 (2009) 658-667.
    • N. Ehrenfeld, A. Aravena, A. Reyes-Jara, N. Barreto, R. Assar, A. Maass, P. Parada, Design and use of oligonucleotide microarrays for identification of Biomining microorganisms. Advanced Materials Research 71-73 (2009) 155-158.
    • G. Levicán, J. A. Ugalde, N. Ehrenfeld, A. Maass, P. Parada, Comparative genomic analysis of carbon and nitrogen assimilation mechanisms in three indigenous bioleaching bac- teria: predictions and validations. BMC-Genomics 9 (2008) 581.
    • R. Uauy, A. Maass, M. Araya, Estimating risk from copper excess in human populations. The American Journal of Clinical Nutrition 88 (2008) 867S-871S. (ISI).

     

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