El último año ha estado marcado por la aparición de distintas variantes del SARS-CoV-2, las que han amenazado el éxito de la lucha contra el COVID-19. Estas variantes son portadoras de mutaciones que facilitan su transmisión o que contrarrestan parcialmente la respuesta inmune de los humanos frente al virus. Cada una presenta un perfil mutacional diferente y característico. Sin embargo, la manera cómo este patrón se asocia con las nuevas propiedades de cada variante continúa siendo un problema a ser resuelto.
Un estudio realizado de manera colaborativa entre el Departamento de Ingeniería Química, Biotecnología y Materiales (DIQBM) de la Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas (FCFM) de la Universidad de Chile, el Instituto de Salud Pública (ISP) de Chile y el Instituto Max Planck de Alemania, utilizó la información genética recopilada en el Programa de Vigilancia Genómica del ISP para cuantificar la transmisibilidad de variantes nuevas y clásicas del SARS-CoV-2 en Chile. Combinando técnicas bioinformáticas y modelamiento matemático, los investigadores concluyeron que el peak de casos de nuevas infecciones coincidió con la presencia de las variantes P.1 (Gamma) y C.37 (Lambda), las que además se transmiten más rápido que variantes anteriores.
El estudio identificó —entre otras— a las variantes B.1.1.7 (Alfa), P.1 (Gamma), y C.37 (Lambda) como predominantes en el primer semestre del presente año. Utilizando la frecuencia con la que estas variantes aparecían entre las muestras analizadas en el laboratorio y un modelo matemático adaptado para datos con alta incertidumbre, los investigadores consiguieron calcular la transmisibilidad relativa de las variantes, concluyendo que Gamma y Lambda se transmiten un 16% y un 5% más rápido que la variante Alfa, respectivamente. La variante Alfa es aproximadamente dos veces más contagiosa que la “variante original”. Además, la presencia de ellas no se vio afectada por la vacunación.
“Con este nuevo enfoque de análisis podemos conocer tempranamente la transmisibilidad de nuevas variantes, como la variante Delta que llegó a Chile en junio, seguir su desarrollo y anticipar la implementación de medidas que minimicen el contagio comunitario, sin afectar demasiado el funcionamiento de áreas vitales para el país”, dice el Prof. Álvaro Olivera-Nappa, académico DIQBM y autor corresponsal del trabajo. “Una vigilancia genómica activa es primordial para entender el comportamiento del virus y sus variantes, especialmente en escenarios donde intervenciones farmacológicas y no farmacológicas modulan simultáneamente la susceptibilidad de la población”, concluye la Dra. Karen Oróstica (ISP).
Los investigadores abogan por programas de alerta temprana basados en la vigilancia genómica. Según ellos, incluso cuando una fracción pequeña — pero representativa — de las muestras es analizada, la vigilancia genómica permite cuantificar tempranamente el potencial propagativo de nuevas variantes del SARS-CoV-2 o de futuras amenazas a la salud pública nacional y global.
Preprint “Mutational signatures and transmissibility of SARS-CoV-2 Gamma and Lambda variants” https://arxiv.org/abs/2108.10018
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